至2006年底，上海港擁有各類碼頭泊位1140個，其中萬噸級以上生產泊位171個，碼頭線總延長為91.6公裏，設計年貨物吞吐能力38105萬噸。其中公用碼頭泊位175個，碼頭線總延長24.6公裏（其中生產性泊位121個，碼頭線延長為22.2公裏），設計年貨物吞吐能力17051萬噸；貨主專用碼頭泊位965個，碼頭線總延長67公裏（其中生產性泊位495個，碼頭線延長38.2公裏），設計年貨物吞吐能力21054萬噸，最大靠泊能力為20萬噸級（減載）。 2006年，上海港完成貨物吞吐量5.37億噸，繼續保持世界第一貨運港地位。其中海港貨物吞吐量4.7億噸，內河港口貨物吞吐量0.67億噸。海港完成貨物進口吞吐量28512萬噸，比上年增長3.5%；貨物出口吞吐量18528萬噸，比上年增長10.4%。完成外貿貨物吞吐量2.13億噸，比上年增長15%，其中外貿進口吞吐量10991萬噸，比上年增長8.8%；外貿出口吞吐量10277萬噸，比上年增長22.4%。完成內貿貨物吞吐量32480萬噸。完成集裝箱吞吐量2171.9萬標準箱（其中進口1064.4萬標準箱、出口1107.4萬標準箱），比上年增長20.1%。上海港集裝箱吞吐量占全國規模以上港口集裝箱量的24%，繼續保持位居世界第三、中國大陸第一。其中內支線集裝箱量202.6萬標準箱，比上年增長31.1%；國際中轉箱量達78.5萬標準箱，比上年增長94.8%。至年底，上海港合資經營集裝箱業務的碼頭企業有6家。年內，上海港新增國際集裝箱班輪航線35條，其中遠洋班輪航線25條。全港平均每月開出的國際國內集裝箱航班達2106班，其中國際航班1033班。年內，上海港與澳大利亞墨爾本港、法國勒哈佛爾港、加拿大聖勞倫斯航道管理局水上高速（H20）係統各成員港締結為友好港，與上海港締結友好港協議的外國港口增至18個。上海港黃浦江航道自巨潮港口至吳淞口河塘燈樁全長67.35公裏，全線可通航水深8米；長江口主航道自瀏河口至長江口燈船全長119.85公裏，經過長江口深水航道一期和二期工程後，水深已達10米，加上潮差2米，可基本滿足第三、第四代集裝箱船舶滿載乘潮通航；杭州灣航道通航水深8米左右；上海國際航運中心洋山深水港區航道通航水深15.5米。9月30日，長江口深水航道治理三期工程開工建設，總工期為4年，其中施工工期3年。
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